در واقع خطر ازدواج های فامیلی در تشابه ژنتیکی موجود در زوجین می باشد. در ازدواج فامیلی بدلیل وجود اجداد مشترک احتمال وجود تشابه ژنتیکی بیش تر است.

مثلاً ژن های مشترک در دختر و پسرخاله / عمه – دائی و یا دختر عمو و پسرعمو % 12/5 است.

به همین دلیل در صورت وجود ژن های بیماری زا نهفته در خانواده، نه تنها خطر انتقال این ژن ها از والدین به ظاهر سالم به فرزندانشان و ایجاد بیماری در آنها بیشتر می شود، بلکه موجب افزایش این ژنهای بیماری زا در نسل های آینده می شود.

متاسفانه بدلیل بالا بودن میزان ازدواج های خویشاوندی در ایران، برخی بیماری های کم یاب و نادر ژنتیکی بیشتر می باشد. فراموش نکنیم که ازدواج های فامیلی فقط به ازدواج های فرزندان خاله- دائی / عمه و یا عمو گفته نمی شود. بلکه ازدواج های نسبت های دورهم که اجداد مشترک دارند ازدواج های خویشاوندی محسوب می شوند.